仙台病毒核酸测序检测方法的建立

doi:10.3969/j.issn.1674-5817.2017.03.006

实验动物与比较医学 ›› 2017, Vol. 37 ›› Issue (3): 204-208.DOI: 10.3969/j.issn.1674-5817.2017.03.006

仙台病毒核酸测序检测方法的建立

张欢欢¹, 余陈欢¹, 戴方伟¹, 马月¹, 郎秋蕾², 王瑜², 应华忠¹

1.浙江省医学科学院浙江省实验动物中心, 杭州 310013;
2.杭州联川生物技术有限公司, 杭州 310018

收稿日期:2016-11-14 出版日期:2017-06-25 发布日期:2017-06-25
作者简介:张欢欢(1985-),女,助理研究员,研究方向:动物疾病模型。E-mail:zhanghuanhuan2014@126.com
基金资助:
[项目基金]浙江省卫生高层次人才,浙江省科技厅院所专项(2012F30026,2016F30001),浙江省科技厅实验动物计划项目(2016C37106)

Development of Detection Method for Sendai Virus by Nucleic Acid Sequencing

ZHANG Huan-huan¹, YU Chen-huan¹, DAI Fang-wei¹, MA Yue¹, LANG Ju-lia², WANG Yu², YING Hua-zhong¹

1. Zhejiang Laboratory Animal Centre, Zhejiang Academy of Medical Sciences, Hangzhou 310013, China;
2. LC-bio technology company, Hangzhou 310018, China

Received:2016-11-14 Online:2017-06-25 Published:2017-06-25

摘要/Abstract

摘要： 目的建立仙台病毒(SeV)的核酸测序检测方法。方法根据SeV序列设计覆盖不同毒株的通用引物,然后优化成测序引物并摸索建库条件,进行核酸测序和结果分析。结果获得1对特异性强的通用引物,序列为: 上游引物5'-GCTGCAAAACGCTGTGGG-3',下游引物5'-TGGRACYTCAGAAAGAATRGG-3'; 建库条件优化为：第一轮以cDNA为模板用通用引物扩增,第二轮以第一轮产物为模板用测序引物扩增。测序分析可以有效地将SeV与其他微生物区分开,并且精确到TianJin 亚株。结论建立了SeV核酸测序检测方法,为后续SeV感染实验动物的检验检疫提供依据。

关键词: 仙台病毒(SeV), 核酸测序, 检测

Abstract: Objective To develop the method for detection of Sendai virus by nucleic acid sequencing. Methods General primers according to Sendai virus genome sequences were designed and optimized to sequencing primers. Then the best condition of creating library was established. This method was verified by nucleic acid sequencing and analysis. Results A pair of highly specific general primers was designed. The sequences are respectively 5'-GCTGCAAAACGCTGTGGG-3' and 5'-TGGRACYT-CAGAAAGAATRGG-3', and the sequencing primers were established by ligated adaptor sequences to the 5'-end of general primers. The established condition of creating library and library products were obtained by the first round amplification using general primers and the second round using sequencing primers. Sendai virus was effectively distinguish from other organisms by nucleic acid sequencing and analysis, and was precised to TianJin strain. Conclusion A detection method was developed for Sendai virus by nucleic acid sequencing, which may be as the base for microbiological detection in laboratory animals.

Key words: Sendai virus, Nucleic acid sequencing, Detection

中图分类号:

Q95-33

张欢欢, 余陈欢, 戴方伟, 马月, 郎秋蕾, 王瑜, 应华忠. 仙台病毒核酸测序检测方法的建立[J]. 实验动物与比较医学, 2017, 37(3): 204-208.

ZHANG Huan-huan, YU Chen-huan, DAI Fang-wei, MA Yue, LANG Ju-lia, WANG Yu, YING Hua-zhong. Development of Detection Method for Sendai Virus by Nucleic Acid Sequencing[J]. Laboratory Animal and Comparative Medicine, 2017, 37(3): 204-208.

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Development of Detection Method for Sendai Virus by Nucleic Acid Sequencing

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