1979年，上海市畜牧兽医学会成立“实验动物科学组”（即上海市实验动物学会的前身）。
1981年9月，上海畜牧兽医学会实验动物科学组创办《上海畜牧兽医通讯：实验动物科学专辑》，季刊，内部发行；成立编审组，由邓翀、王楠田、邱志方、舒家模、漆畹生和薛逸桢负责日常编审工作。
1984年1月，经上海市科委批准，更名为《上海实验动物科学》，并由上海市畜牧兽医学会实验动物研究会和上海实验动物研究中心（1984年初成立）共同主办，独立发行；同时，首届正式编委会成立，著名实验动物学专家邓翀担任主编。
1986年1月，正式挂靠上海实验动物研究中心，并组建编辑部。
1987年9月，经上海市新闻出版局批准，公开发行。
1988年1月，第二届编委会成立，主编为邓翀先生，名誉主编为遗传学家谈家桢院士。
1993年1月，第三届编委会成立，主编为刘瑞三教授，名誉主编为谈家桢院士。
1996、2004年，分别聘美国Harry Rozmiarek教授、英国Timothy H Morris教授担任名誉编委。
2003、2004年起，分别改为大16开、全铜版纸印刷。
2005年5月，经国家新闻出版总署批准，更名为《实验动物与比较医学》。
2006年，录入“中国科技论文统计源期刊”，即“中国科技核心期刊”。
2008年起，改为双月刊，编辑部由上海市徐汇区迁至浦东新区张江科学城。
2010年1月，第四届编委会成立，主编为高诚研究员，名誉主编为刘瑞三教授等。
2012年，引进玛格泰克在线稿件处理系统，期刊投稿、审稿及修稿等开始数字化。
2014年12月，被国家新闻出版广电总局第一批认定为学术期刊。
2014、2018年1月，第五、第六届编委会成立，主编为高诚研究员。
2020年1月，建立期刊官网www.lacm.org.cn。
2020年11月，期刊官网升级，地址改为www.slarc.org.cn/dwyx。
2022年1月，第七届编委会成立，主编为王健研究员，名誉主编为李劲松院士，另设执行主编为吴宝金研究员。