实验小鼠核酸样品单核苷酸多态性标记检测的能力验证结果评价

doi:10.12300/j.issn.1674-5817.2022.138

实验动物与比较医学 ›› 2022, Vol. 42 ›› Issue (6): 505-510.DOI: 10.12300/j.issn.1674-5817.2022.138

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实验小鼠核酸样品单核苷酸多态性标记检测的能力验证结果评价

魏杰¹^,²()(), 张心妍¹^,²(), 王洪¹^,², 赵蓝¹^,², 刘巍¹^,², 李欢¹^,², 付瑞¹^,², 乔涵¹, 赵萌¹, 项新华¹, 岳秉飞¹^,²()()

^1.中国食品药品检定研究院, 北京 102629
^2.国家啮齿类实验动物资源库, 北京 102629

收稿日期:2022-09-01 修回日期:2022-12-06 出版日期:2022-12-25 发布日期:2023-01-04
通讯作者: 岳秉飞（1960—），男，博士，研究员，研究方向：动物遗传学。E-mail： yuebingfei@nifdc.org.cn。ORCID： 0000-0002-6826-3398
作者简介:魏杰（1982—），女，硕士，副研究员，研究方向：免疫遗传检测。E-mail： weijie@nifdc.org.cn。ORCID：0000-0003-4557-9995
张心妍（1990—），女，硕士，研究方向：实验动物质量体系管理。E-mail： duoduoxinyan@sina.com
基金资助:
国家重点研发计划青年科学家项目“基于SNP技术建立我国常用实验动物遗传质量评价技术体系”(2021YFF0703200)

Evaluation Report on the Proficiency Testing of SNP Detection in Laboratory Mice Nucleic Acid Samples

Jie WEI¹^,²()(), Xinyan ZHANG¹^,²(), Hong WANG¹^,², Lan ZHAO¹^,², Wei LIU¹^,², Huan LI¹^,², Rui FU¹^,², Han QIAO¹, Meng ZHAO¹, Xinhua XIANG¹, Bingfei YUE¹^,²()()

^1.National Institutes for Food and Drug Control, Beijing 102629, China
^2.National Rodent Laboratory Animal Resources Center, Beijing 102629, China

Received:2022-09-01 Revised:2022-12-06 Published:2022-12-25 Online:2023-01-04
Contact: YUE Bingfei (ORCID: 0000-0002-6826-3398), E-mail: yuebingfei@nifdc.org.cn

摘要/Abstract

摘要：

目的通过实施全国范围的小鼠DNA核酸样品单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）标记检测能力验证计划，检测各实验室小鼠遗传质控SNP检测技术水平，推动核酸样品及SNP检测技术的应用。方法按照中国食品药品检定研究院2022年组织实施的“NIFDC-PT-365实验小鼠DNA样品SNP标记检测能力验证计划”方案要求，各参加实验室均获得BALB/c和C57BL/6来源的随机编号DNA盲样2份、作业指导书、rs3023177和rs3023382 SNP位点引物2对。参与者在规定时限内提交报告和原始记录，突变位点扩增测序结果与方案预设一致时判为满意，否则判为不满意。同时，对各实验室的PCR扩增体系及测序比对方式进行比较，分析可能影响小鼠核酸标准样品SNP检测结果的相关因素。结果 10个参加实验室在2个SNP位点的盲样测序分型上皆与预设一致，均获得满意结果。不同扩增体积（20 μL、25 μL、30 μL）、不同Taq酶体系（单组分与PCR MIX），以及不同的测序公司、测序方向、比对软件均未影响结果准确性。结论各参加实验室在小鼠DNA核酸样品SNP标记检测项目上均具有较强的检测能力。SNP检测技术在小鼠遗传质量评价中简便易行，值得推广。

关键词: 能力验证, 遗传质控, 核酸样品, 单核苷酸多态性, 小鼠

Abstract:

Objective To test the single nucleotide polymorphism (SNP) detection technology level of mice genetic quality control in laboratories, promote the application of nucleic acid samples and SNP detection technology by implementing a nationwide proficiency testing program. Methods In 2022, National Institutes for Food and Drug Control implemented domestic laboratory proficiency testing named“NIFDC-PT-365 Laboratory Proficiency Testing Program of SNP Marker Detection Ablity in Laboratory Mice DNA Samples”. According to the requirements of the program, each participating laboratory received 2 blind samples of DNA from BALB/c mice and C57BL/6 mice with random numbers, standard operation procedure and 2 pairs of primers for rs3023177 and rs3023382 SNP loci. The participants should submit the results and original records before the deadline. If the mutation site amplification and sequencing results were consistent with the preseted results, it was considered as satisfactory; otherwise, it was considered as unsatisfactory. Meanwhile, PCR amplification system, sequencing direction and alignment methods of participating laboratories were compared to analyze as the relevant factors which may affect the SNP detection results of nucleic acid standard samples. Results The results of 10 participating laboratories were consistent with the preset. They all obtained satisfactory results. Differences in amplification volume (20 μL, 25 μL, 30 μL), Taq enzyme system (single component and PCR MIX), sequencing company, sequencing direction and alignment software had no influence on the accuracy of the results. Conclusion The participating laboratories have high detection ability in SNP detection method of mice nucleic acid samples. SNP detection technology is simple and feasible in mouse genetic quality control and is worth popularizing.

Key words: Proficiency testing, Genetic quality control, Nucleic acid samples, Single nucleotide polymorphism, Mice

中图分类号:

Q95-33

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图/表 3

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序号 No.	实验室代码 Code of laboratory	样品编号 Sample number	预设结果 Preset results		实验室结果 Laboratory results		结果评价 Result evaluation
序号 No.	实验室代码 Code of laboratory	样品编号 Sample number	rs3023177	rs3023382	rs3023177	rs3023382	结果评价 Result evaluation
1	718	CB03650014-22	A	G	A	G	满意
1	718	CB03650014-20	C	T	C	T	满意
2	213	CB03650014-15	A	G	A	G	满意
2	213	CB03650014-01	C	T	C	T	满意
3	961	CB03650014-09	A	G	A	G	满意
3	961	CB03650014-18	C	T	C	T	满意
4	922	CB03650014-10	A	G	A	G	满意
4	922	CB03650014-11	C	T	C	T	满意
5	965	CB03650014-02	A	G	A	G	满意
5	965	CB03650014-04	C	T	C	T	满意
6	982	CB03650014-14	A	G	A	G	满意
6	982	CB03650014-06	C	T	C	T	满意
7	359	CB03650014-13	A	G	A	G	满意
7	359	CB03650014-16	C	T	C	T	满意
8	963	CB03650014-21	A	G	A	G	满意
8	963	CB03650014-17	C	T	C	T	满意
9	928	CB03650014-07	A	G	A	G	满意
9	928	CB03650014-03	C	T	C	T	满意
10	358	CB03650014-12	A	G	A	G	满意
10	358	CB03650014-19	C	T	C	T	满意

序号 No.	实验室代码 Code of laboratory	样品编号 Sample number	预设结果 Preset results		实验室结果 Laboratory results		结果评价 Result evaluation
序号 No.	实验室代码 Code of laboratory	样品编号 Sample number	rs3023177	rs3023382	rs3023177	rs3023382	结果评价 Result evaluation
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10	358	CB03650014-12	A	G	A	G	满意
10	358	CB03650014-19	C	T	C	T	满意

实验室代码 Code of laboratory	扩增体积/μL Amplification volume/μL	酶体系 Enzyme system	测序公司 Sequencing company	测序方向 Sequencing direction	比对软件 Sequence alignment software	备注 Remarks
718	25	PCR MIX	华大基因	单向	Ensembl	反映rs3023177正向测序不容易
213	30	PCR MIX	无记录	无记录	无记录	报告讨论认为该方法简便易行
961	30	普通Taq酶，单组分体系	美国通用	双向	SeqMan	作业指导书推荐体系
922	30	PCR MIX	无记录	双向	SeqMan	无备注信息
965	30	PCR MIX	上海生工	单向	无记录	无备注信息
982	30	PCR MIX	上海生工	单向	Creportal	无备注信息
359	30	普通Taq酶，单组分体系	诺赛基因	单向	无记录	作业指导书推荐体系
963	25	普通Taq酶，单组分体系	上海生工	单向	无记录	反映rs3023177正向测序不容易
928	20	PCR MIX	天一辉远	单向	SnapGene	无备注信息
358	无记录	无记录	无记录	无记录	无记录	无备注信息

实验室代码 Code of laboratory	扩增体积/μL Amplification volume/μL	酶体系 Enzyme system	测序公司 Sequencing company	测序方向 Sequencing direction	比对软件 Sequence alignment software	备注 Remarks
718	25	PCR MIX	华大基因	单向	Ensembl	反映rs3023177正向测序不容易
213	30	PCR MIX	无记录	无记录	无记录	报告讨论认为该方法简便易行
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965	30	PCR MIX	上海生工	单向	无记录	无备注信息
982	30	PCR MIX	上海生工	单向	Creportal	无备注信息
359	30	普通Taq酶，单组分体系	诺赛基因	单向	无记录	作业指导书推荐体系
963	25	普通Taq酶，单组分体系	上海生工	单向	无记录	反映rs3023177正向测序不容易
928	20	PCR MIX	天一辉远	单向	SnapGene	无备注信息
358	无记录	无记录	无记录	无记录	无记录	无备注信息

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实验小鼠核酸样品单核苷酸多态性标记检测的能力验证结果评价

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