单核苷酸多态性位点法对国内近交系小鼠遗传检测

doi:10.3969/j.issn.1674-5817.2018.01.003

实验动物与比较医学 ›› 2018, Vol. 38 ›› Issue (1): 16-21.DOI: 10.3969/j.issn.1674-5817.2018.01.003

单核苷酸多态性位点法对国内近交系小鼠遗传检测

李银银^1,2, 陈振文², 刘丽均³, 李长龙², 刘欣², 吕建祎², 郭萌^1,2, 杜小燕^1,2

首都医科大学1.实验动物部;2.基础医学院,北京100069;
3.上海斯莱克实验动物有限责任公司,上海 201615

收稿日期:2017-07-18 出版日期:2018-02-25 发布日期:2021-03-01
作者简介:李银银(1989-),女,硕士研究生,专业:实验动物学。E-mail:yyl7590@163.com
基金资助:
国家科技支撑计划(No.2015BAI07B01);国家重点研发计划(No.2017YFD0501602)

Genetic Mornitoring for Inbred Mice with Single Nucleotide Polymorphisms

LI Yin-yin^1,2, CHEN Zhen-wen², LIU Li-jun³, LI Chang-long², LIU Xin², LV Jian-yi², GUO Meng^1,2, DU Xiao-yan^1,2

1. Department of Laboratory Animal;2. School of Basic Medical Sciences,Capital Medical University,Beijing 100069,China;
3. Shanghai SLAC Laboratory Animal Co. Ltd,Shanghai 201615,China

Received:2017-07-18 Online:2018-02-25 Published:2021-03-01

摘要/Abstract

摘要： 目的利用95个单核苷酸多态性位点(SNP)对29个品系共36个不同群体来源的近交系小鼠进行遗传检测,并分析、鉴别不同品系的位点。方法对来自国内各地的C57BL/6J、BALB/c等36个群体近交系小鼠样品提取DNA后,选取参考自国内外文献的95个SNP位点,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)技术对这些样品进行等位基因型分型,并两两比较等位基因型不同的位点数目。结果共有29个群体(80.56%)的小鼠在95个SNP位点中成功进行了基因分型,有个别群体因为样品质量原因没有实现全部成功分型,主要集中于BALB/c相关背景的3个群体小鼠。被检品系中,大部分位点为纯合位点,品系内位点单态率最高为98.95%。群体两两比较显示,差异等位基因型最多的位点数达到58个,最少的只有1个,主要分布于同一品系不同群体来源的动物间及基因修饰动物和背景动物间。结论所选SNP位点可用于近交系小鼠遗传检测和品系鉴别,但SNP用于近交系遗传检测仍应优化出可代表每一个近交系品系特征的SNP位点组合。

关键词: 近交系小鼠, 单核苷酸多态性(SNP), 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS), 遗传检测

Abstract: Objective To detect the genetic quality of 29 inbred strains mice from 36 different colonies using 95 single nucleotide polymorphism (SNP) loci and analyze the different genotype among different strains.Methods All genotypes of samples from domestic including 36 inbred mice colonies such as C57BL/6J,BALB/c were identified by the methods of matrix assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) using 95 SNPs referenced from domestic and international literature.Then the numbers of loci with different genotypes between each two strains were analyzed and compared.Results Totally 29 colonies (80.56%) of the mouse were successfully genotyped with 95 SNPs while very few strains weren’t,because of sample’s quality focusing on 3 strains with the background of BALB/c.Most loci were homozygous and the rate of monomorphic loci within strains was up to 98.95%.The numbers of loci with different genotypes between each two colonies reached maximal 58 loci and minimal 1 locus which distributed in the same strain from distinct sources and the gene modified lines between their backgrounds.Conclusions The selected SNPs could be applied to mornitor and identify the genetic condition of inbred mice.However,SNP loci panel should be optimized on behalf of each strain’s characteristics.

Key words: Inbred mice, Single nucleotide polymorphism (SNP), Matrix assisted laser desorption

中图分类号:

Q95-33

李银银, 陈振文, 刘丽均, 李长龙, 刘欣, 吕建祎, 郭萌, 杜小燕. 单核苷酸多态性位点法对国内近交系小鼠遗传检测[J]. 实验动物与比较医学, 2018, 38(1): 16-21.

LI Yin-yin, CHEN Zhen-wen, LIU Li-jun, LI Chang-long, LIU Xin, LV Jian-yi, GUO Meng, DU Xiao-yan. Genetic Mornitoring for Inbred Mice with Single Nucleotide Polymorphisms[J]. Laboratory Animal and Comparative Medicine, 2018, 38(1): 16-21.

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Genetic Mornitoring for Inbred Mice with Single Nucleotide Polymorphisms

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