西藏小型猪SLA-DQA基因外显子2

›› 2008, Vol. 28 ›› Issue (2): 90-94.

西藏小型猪SLA-DQA基因外显子2

1.南方医科大学实验动物中心，广州 510515；2.广州军区司令部嘉禾生产基地，广州 510440

出版日期:2008-02-29 发布日期:2013-06-06
基金资助:
广东省农业攻关计划（2006B20201053），广东省科研条件建设项目（2006B60101059）

Studies on Polymorphism of SLA-DQA Gene by PCR-RFLP in Tibet Mini-pigs

1. Laboratory Animal Centre, Southern Medical University, Guangzhou 510515, China;2. Jiahe Production Base of Guangzhou Military Area Headquaters, 510440, China

Online:2008-02-29 Published:2013-06-06

摘要/Abstract

摘要： 目的分析西藏小型猪SLA-DQA基因第2外显子不同酶切位点的基因型多态性以及等位基因的多态性，检验这些酶切位点上的基因频率是否达到Hardy-Weinberg 平衡态.方法采用EcoRⅠ和AluⅠ两种限制性内切酶对西藏小型猪SLA-DQA 目的基因的第1和第2内含子部分序列以及完整的外显子2进行 PCR-RFLP分析.结果结果表明，经EcoRⅠ酶切后，以纯合子BB基因型居多，BB、 AB、AA基因型频率分布为0.4500、0.3167和0.2333，其中B 为优势等位基因（0.6083）；经AluⅠ酶切后，MN基因型频率（0.5000）分别高于MM型（0.3000）和 NN型（0.2000），其中M为优势等位基因（0.5500）.经卡方适合性检验验证， EcoRⅠ酶切位点c2值未达到显著水平（P＞0.05），而AluⅠ酶切位点c2值则具有显著差异（ P＜0.05）.综合双酶切结果，共出现7种组合带型，其中 BBMM组合带型出现的频率最高（0.3000），暂没有发现AANN以及 BBNN两种组合带型.结论西藏小型猪SLA-DQA基因在AluⅠ酶切位点上没有达到Hardy-Weinberg 平衡态，在该位点的遗传选择压力较EcoRⅠ位点大.

关键词: 西藏小型猪, SLA-DQA基因, PCR-RFLP, 多态性

Abstract: Objectives Analyzed genotype and allelic polymorphism of SLA-DQA gene extron 2 in Tibet mini-pigs to detect whether the genotype frequency of restriction enzyme sites was consistent with Hardy-Weinbeig equilibrium. Methods PCR-RFLP was used to analyze the partial sequences of intron 1 and intron 2 and the complete sequence of extron 2 of SLA-DQA in Tibet mini-pigs. Results The restriction enzyme map of EcoR I -RFLP site showed that the genotype frequency of BB(0.4500) was higher than that of AB(0.3167) and AA(0.2333), B was the predominant allele. As for the Alu I site, the genotype frequency of MN(0.5000) was higher than that of MM(0.3000) and NN(0.2000), and M was the predominant allele. According to the values of X2test (chi-square test), the genotypes at EcoR I site didn't reach the significance level(P＞0.05〕，while the Alu I site has significant differences (P＜0.05). Combined with double enzyme digestion result, there were 7 PCR-RFLP patterns of SLA-DQA gene in Tibet mini-pigs. The genotype frequency of BBMM(0.3000) was higher than other ones, while the genotype AANN or BBNN was not found. Conclusion The SLA-DQA gene of Tibet mini-pigs was not fit Hardy-Weinbeig equilibrium at Alu I site, and the genetic selection pressure of this site was higher than that of EcoR I site.

Key words: Tibet mini-pigs, SIA-DQA, PCR-RFLP, polymorphism

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