用LA-PCR方法克隆东方田鼠部分Y染色体序列

doi:10.3969/j.issn.1674-5817.2012.04.014

实验动物与比较医学 ›› 2012, Vol. 32 ›› Issue (4): 324-328.DOI: 10.3969/j.issn.1674-5817.2012.04.014

用LA-PCR方法克隆东方田鼠部分Y染色体序列

姜宪环¹, 蔡慧强¹, 高骏², 倪丽菊³, 李凯¹, 肖君华¹, 周宇荀¹

1.东华大学生物科学与技术研究所, 上海 201620;
2.上海市农业科学院, 上海 201106;
3.上海实验动物研究中心, 上海 201203

收稿日期:2011-11-30 出版日期:2012-08-25 发布日期:2012-08-25
作者简介:姜宪环(1986-), 男, 硕士研究生, 研究方向: 小鼠遗传学。E-mail: jiangxianhuanwwww@163.com
基金资助:
上海市科技创新行动计划实验动物专项基金(No 09140900102)

Exploring SNPs on ChrY of Microtus fortis

JIANG Xian-huan¹, CAI Hui-qiang¹, GAO Jun², NI Li-ju³, LI Kai¹, XIAO Jun-hua¹, ZHOU Yu-xun¹

1. Institute of Biological Sciences and Biotechnology, Donghua University, Shanghai 201620, China;
2. Shanghai Academy of Agricultural Sciences; Shanghai 201106, China;
3. Shanghai Laboratory Animal Research Center, Shanghai 201203, China

Received:2011-11-30 Online:2012-08-25 Published:2012-08-25

摘要/Abstract

摘要： 目的克隆东方田鼠长江亚种(Microtus fortis calamorum)和宁夏指名亚种(Microtus fortis fortis)Y染色体的部分序列,并挖掘这两个亚种间的单核苷酸多态性位点(SNPs)。方法本研究利用依据Y染色体保守性靶标位点(YCATS)设计的引物,测得Y染色体上的8个内含子短片段序列,进而设计长片段PCR(LA-PCR)引物来获得相距几kb的两个内含子之间的长片段序列。结果获得东方田鼠长江亚种和宁夏指名亚种Y染色体上的7300 bp序列,比对这两个亚种的序列后发现4个SNPs位点。结论获得了田鼠Y染色体上的7 300 bp序列和4个SNPs位点。

关键词: 东方田鼠, 单核苷酸多态性位点, Y染色体保守性靶标位点, 长片段PCR

Abstract: Objective To obtain the sequences of Y chromosome of Microtus fortis calamorum and Microtus fortis fortis, and find out some SNPs of these two subspecies. Methods Eight short segments' sequences involving in introns of ChrY are sequenced by using Y chromosome conserved anchored tagged primers, which would be used to design two new pairs of primers to achieve two long fragments of several kb in size through LA-PCR (Long and accurate polymerase chain reaction). Results About 7300 bp long on ChrY of M.f.calamorum and M.f.fortis is obtained respectively, for the first time, and 4 SNPs by comparing the sequences of these two subspecies are obtained. Conclusion The 7300 bp sequences on Y chr and 4 SNPs are obtained.

Key words: Microtus fortis, Single nuclear polymorphism (SNP), Y chromosome conserved anchored tagged sequences (YCATS), Long and accurate polymerase chain reaction (LA-PCR)

中图分类号:

Q95-33

姜宪环, 蔡慧强, 高骏, 倪丽菊, 李凯, 肖君华, 周宇荀. 用LA-PCR方法克隆东方田鼠部分Y染色体序列[J]. 实验动物与比较医学, 2012, 32(4): 324-328.

JIANG Xian-huan, CAI Hui-qiang, GAO Jun, NI Li-ju, LI Kai, XIAO Jun-hua, ZHOU Yu-xun. Exploring SNPs on ChrY of Microtus fortis[J]. Laboratory Animal and Comparative Medicine, 2012, 32(4): 324-328.

参考文献

[1] 黄文几, 陈延熹, 温业新. 中国啮齿类[M]. 上海: 复旦大学出版社, 1987. 231-233.
[2] 朱国正, 汪英华, 雷观愚,等. 东方田鼠的实验室饲养及其抗血吸虫感染特性[J]. 上海实验动物科学, 1991, 11(4): 193-201.
[3] He Y, Luo X, Zhang X, et al.Immunological characteristics of natural resistance in Microtus fortis to infection with Schistosoma japonicum[J].Chin Med J(Engl), 1999, 112(7): 649-654.
[4] 柏熊, 邢正弘, 沈志敏, 等. 东方田鼠人工繁育观察[J]. 实验动物与比较医学, 2006; 26(4):242-244
[5] 俞远京, 苏志杰, 马亚东, 等. 诱发性东方田鼠糖尿病动物模型的初步研究[J]. 湖南畜牧兽医, 2003,4:8-9.
[6] 俞远京, 苏志杰, 周智君, 等. 东方田鼠卵巢癌模型病理学观察[J]. 中国兽医学报, 2008, 28(9):1070-1073.
[7] 张新跃, 何永康. 东方田鼠的核型分析[J]. 实用预防医学, 1996, (4):212-214.
[8] 邵伟娟, 谢建云, 王胜昌, 等. 两个不同地区东方田鼠杂交子代RAPD标记分析[J]. 中国实验动物学报, 2001, 9(2):93-98.
[9] 倪丽菊, 谢建云, 高诚. 四类东方田鼠的RAPD分析[J]. 上海交通大学学报(农业科学版), 2006, 24(2):133-137.
[10] Brown WM, George M Jr, Wilson AC.Rapid evolution of animal mitochondrial DNA[J]. Proc Natl Acad Sci USA, 1979, 76(4):1967-1971.
[11] Hellborg L, Ellegren H.Low levels of nucleotide diversity in mammalian Y chromosomes[J]. Mol Biol Evol, 2004, 21(1):158-163.
[12] 谢建云, 冯洁, 柏熊, 等. 四种群东方田鼠线粒体DNA D-loop多态性研究[J].实验动物与比较医学, 2008, 28(5):299-303.
[13] Jaarola M, MartínkováN, Gunduz I, et al. Molecular phylogeny of the speciose vole genus Microtus (Arvicolinae, Rodentia) inferred from mitochondrial DNA sequences[J]. Molecular Phylogenetics and Evolution, 2004, 33(3):647-663.
[14] Conroy CJ, Cook JA. Molecular systematics of a holarctic rodent (Microtus: Muridae)[J]. J Mammal, 2000(a), 81(2): 344-359.
[15] Hellborg L, Ellegren H.Y chromosome conserved anchored tagged sequences (YCATS) for the analysis of mammalian male-specific DNA[J]. Molecular Ecology, 2003, 12(1):283-291.
[16] Burge C, Karlin S.Prediction of complete gene structures in human genomic DNA[J]. Journal of Molecular Biology, 1997, 268(1):78-94.
[17] Handley LJL, Perrin N.Y chromosome microsatellite isolation from BAC clones in the greater white-toothed shrew (Crocidura russula)[J]. Molecular Ecology Notes, 2006, 6(1):276-279.
[18] Luo SJ, Johnson WF, David VA, et al.Development of Y chromosome intraspecific polymorphic markers in the Felidae[J]. Journal of Heredity, 2007, 98(5):400-413.
[19] Gillespie JH.Population Genetics-A Concise Guide[M], 2nd eds. Baltimore, Maryland: The Johns Hopkins University Press, 2004:13-13.
[20] Petit E, Balloux F, Excoffier L.Mammalian population genetics: why not Y?[J].Trends in Ecology & Evolution, 2002,17(1): 28-33.
[21] Greminger MP, Krutzen M, Schelling C, et al.The quest for Y-chromosomal markers-methodological strategies for mammalian non-model organisms[J]. Mol Ecol Resour, 2010, 10(3):409-420.
[22] Nakabori Y, Kuroki Y, Komaki R.et al.The Y chromosome region essential for spermato-genesis[J]. Hormone Research, 1996, 46(1):20-23.

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[1]	谢建芸. 东方田鼠作为一种实验动物新资源的研究进展报告[J]. 实验动物与比较医学, 2023, 43(5): 482-491.
[2]	吴侠, 成钢, 黎欢, 李海霞, 汤志宏. 野生东方田鼠4种成纤维细胞培养上清对日本血吸虫童虫的体外杀伤效果[J]. 实验动物与比较医学, 2018, 38(5): 372-376.
[3]	柏熊, 林金杏, 王晓东, 冯洁, 高捷, 谢建云. 两种群东方田鼠生长发育及繁殖性能观测[J]. 实验动物与比较医学, 2018, 38(2): 135-140.
[4]	柴淑梅, 傅志强, 谢建芸. 东方田鼠在医学生物学研究与应用进展[J]. 实验动物与比较医学, 2018, 38(1): 72-77.
[5]	高骏, 倪丽菊, 孙凤萍, 王金祥, 胡建华, 高诚, 李凯, 肖君华, 周宇荀. 东方田鼠指名亚种的线粒体基因组序列分析及系统进化研究[J]. 实验动物与比较医学, 2013, 33(3): 167-173.
[6]	邵国艳, 谢建云, 高诚. 东方田鼠抗日本血吸虫病相关免疫学研究进展[J]. 实验动物与比较医学, 2013, 33(3): 243-246.
[7]	柏熊, 王晓东, 谢建云, 邢正弘, 高诚, 胡建华. 东方田鼠种群的生物净化方法[J]. 实验动物与比较医学, 2011, 31(3): 215-217.
[8]	魏晓锋，谢建云，胡建华，高诚. 野生和人工饲养洞庭湖种群东方田鼠血液及血清生化指标的测定[J]. , 2009, 29(5): 315-316.
[9]	谢建云1，2，冯洁1，柏熊3，胡建华1，高诚1. 四种群东方田鼠线粒体DNA[J]. , 2008, 28(5): 299-303.
[10]	柏熊1, 邢正弘1, 沈志敏2, 刘雄伟2, 何新桥3. 东方田鼠人工繁育观察[J]. , 2006, 26(4): 242-244.
[11]	王胜昌，谢建云，高诚. 棘足甲胁虱成虫光镜和扫描电镜观察[J]. , 2001, 21(3): 157-158.
[12]	刘宗传, 罗新松, 杨瑞青, 王载良, 何永康, 喻鑫玲, 林金莲. 东方田鼠微生物学与寄生虫学检测初报[J]. , 2000, 20(1): 20-21.
[13]	高诚1, 沈志敏1, 刘雄伟1, 陆国平1, 邵伟娟1, 王胜昌1, 柏熊2. 不同地区东方田鼠微生物学和寄生虫学检测初步研究[J]. , 2000, 20(1): 22-25.
[14]	刘宗传, 何永康, 王新莲. 东方田鼠颗粒饲料研制初报[J]. , 1999, 19(1): 53-54.
[15]	邵伟娟1, 余家璜2, 王晓明1, 沈志明2. 东方田鼠的血液及血清生化测定值[J]. , 1996, 16(1): 46-46.